Erreforma protestantea Europan oso azkar zabaltzen ari zela ikusita, agintari erlijiosoek hura geldiaraztea erabaki zuten. Horretarako, bi bide aukeratu zituzten: batetik, protestanteei jazartzea, eta bestetik, eliza bera berritzea.
Elizako sinesmenetatik urruntzen zirenei jazartzeko, aita santuak Inkisizioa berrezarri zuen 1542an, Italian eta Espainian batez ere. Inkisizioa eliz auzitegia zen, heretikoak harrapatzeko eta zigortzeko.
Elizako hierarkiak elizaren barnean berrikuntza mugimendua sustatu zuen; horri Kontrarreforma esaten zaio. Elizako akatsak zuzentzea zuen xede eta, batez ere, fede katolikoaren sinesmen arauak babestea. Trentoko kontzilioak finkatu zuen Kontrarreforma; bilkurak 1545etik 1563ra egin ziren.
Kontzilioak doktrina katolikoaren dogma edo oinarrizko sinesmen nagusiak berretsi zituen. Fedea garrantzitsua zela aldarrikatu zuen, baina salbamena ekintza onen bidez ere lortu beharra zegoela. Horrez gain, elizako administrazioa eta diziplina berritzeko borondate garbia ere azaldu zuen. Horrela, hainbat neurri hartu ziren: induljentziak saltzea debekatu zen, apaizgaitegiak sortu ziren, apaizen prestakuntza egokia ziurtatzeko; apaizak bizitza eredugarria eramatera eta zelibatoa gordetzera (apaizak ezkontzea ez zuten baimendua).
Kontrarreformako ideiak hedatzeko ordena edo talde katoliko berriak sortu ziren; esaterako, Jesusen Lagundia, San Ignazio Loiolakoak 1537an sortutakoa.