Biologia molekularraren aurkikunde zoriontsu eta ustekabeetariko bat izan da ikustea molekulek egitura somatikoen antzera eboluzionatzen dutela. Oro har, zenbat eta ahaidetuagoak izan bizidun bi, orduan eta antzekoagoak dira euren geneen sekuentziak. Zenbait kasutan, bi bizidunen arteko harremanaren zalantza dagoenean (ebidentzia morfologikoak anbiguoak direlako, esaterako), euren molekulen azterketa guztiz argigarria suertatzen da.
Hori dela-eta, biologia molekularra informazio-iturri bikaina bihurtu da harreman filogenetikoen determinaziorako. Bizidun diferenteen geneek edo molekulen egiturek, aldaketa ebolutiboa jasotzen dute, gainerako egitura makroskopikoek bezalaxe. Bizidun diferenteen gene homologoak eta bestelako molekula homologoak konparatuz, beraien antzekotasun-gradua zehatz daiteke.
Izaki bizidunen funtsezko unitate biokimikoak ikusita, denek jatorri komuna dutela pentsa liteke. Antolaketa-eredu gutxi batzuek osatuak dira izaki guztiak, eta DNA eta RNA molekulak dira bizi-antolaketaren oinarri nagusia, bizidun guzti-guztietan. Bi espezieren proteinak eta azido nukleikoak zenbat eta antzekoagoak izan, orduan eta ahaidetasun handiagoa dute edo gertuago dute arbaso komuna. Odoleko proteina batzuen azterketak erakutsi duenez, adibidez, antropoideen zuhaitzetan, gizakiak hurbilago gaude txinpantze eta gorilengandik, orangutanengandik baino.
